Хлебников получил награду как лучший режиссер года, исполнившие в фильме главные роли Ирина Горбачева и Александр Яценко были награждены в номинациях «Лучшая женская роль» и «Лучшая мужская роль».
Сценаристы «Аритмии» Наталья Мещанинова и Борис Хлебников получили главный приз в своей номинации. Таким образом, «Аритмия» собрала пять главных наград «Ники».
В декабре 2017 года «Аритмия» была признана лучшим фильмом в рамках премии кинокритики и кинопрессы «Белый слон». Картина также получила главный приз XXV фестиваля российского кино в Онфлере (Франция).